Драган про ковид. Страница 3
6423
@dragan_covid
Рассказываю про ковид и его варианты, про ход эпидемии в России и в других странах, про фальсификацию коронавирусной статистики — и вообще про всякое. Много нагнетаю и ворчу.
-
Драган про ковид
Первые звоночки естественного локдауна, о котором я в начале января предупреждал на примере Лондона, Израиля и Австралии, а в декабре — на примере Нью-Йорка. В Химках городской суд закрылся на неопределённый срок: заболело слишком много сотрудников, рассматривать дела некому. Такое происходит впервые с начала эпидемии — раньше суды не приостанавливали работу. В Екатеринбурге на карантин закрыли управление полиции, которое обслуживает мигрантов: в управлении коллапс, болеет большинство сотрудников. Самое прекрасное, что заболевшие считают, будто причина вспышки — мигранты, которых «сложно заставить надеть маску» (то ли дело местные). В Рыбинске массово болеют сотрудники общественного транспорта: дефицит водителей 36%, кондукторов — 52%, каждый день отменяются десятки рейсов, «ситуация близка к критической». То же самое в Волгограде: болеют уже сотни водителей и кондукторов, сотрудников не хватает, рейсы перегружены. В Самаре также не хватает водителей и кондукторов: многие болеют, приходится увеличивать интервалы движения, трамваев не хватает. В Сергиево-Посадском округе в Подмосковье также проблемы с транспортом, некоторые ждут автобус по часу — многие сотрудники болеют. Мариинский театр в Петербурге отменяет спектакли — болеют десятки людей: режиссёры, певцы, музыканты, половина хора (35 человек из 70). Вместе с тем, оркестр Мариинки отправили в Москву, несмотря на вспышку в театре. Спектакли и концерты отменяются и в Архангельске, и в Улан-Удэ, и в Перми, и в Воронеже, и в Орле. И, конечно, массово болеют медики. В поликлиниках Петербурга болеет до 30% врачей, не хватает более 2000 человек — петербургский комздрав обратился к медицинским вузам с просьбой направить ординаторов и студентов. То же самое и в Перми, и в Твери, и в других регионах. В Якутии из-за нехватки медперсонала объявили мобилизацию врачей, медсестёр и всех со средним и высшим медицинским образованием (включая тех, кто не работает по специальности). В Курганской области также мобилизуют все медицинские резервы и просят Минобороны о помощи — по словам главы депздрава, «регион готовится к военным действиям». В Новосибирской области мобилизуют даже стоматологов и психологов. В Сургуте в поликлиниках не хватает автомобилей для ковидных бригад — медики попросили о помощи волонтёров. В Дагестане также не хватает машин. Это происходит повсеместно: в Ленобласти правительство выделило часть своего автопарка для районных больниц, в Якутии правительство и парламент также передали часть автопарка поликлиникам и больницам — но даже так не хватает 140 машин. А если изучить последний отчёт Google, от 22 января, о передвижении россиян, то видно, что уже на прошлой неделе началось снижение активности. Больше россиян теперь отсутствуют на рабочих местах, меньше перемещаются на общественном транспорте, реже ходят в магазины, общепит и места развлечения. И хотя данные предварительные, отчёт об активности от Apple показывает ту же тенденцию. Если смотреть по стране в целом, то перемещений на транспорте и на авто сейчас меньше, чем во время ноябрьских «нерабочих дней». В Москве и Петербурге частота перемещений значительно ниже аналогичного периода 2020 года — в отличие, например, от Краснодара и Ростова, где, судя по ковид-специфичным поисковым запросам, заболеваемость начала быстро расти только неделю назад, а активность пока выше доковидной. И это ровно то, что мы ранее наблюдали и в Британии, и в других странах. Так почему кто-то решил, что в России будет иначе? -
Драган про ковид
В продолжение разговора о госпитализациях. Собрал большую таблицу с основными показателями по Москве, за которыми важно следить. Там статистика госпитализаций с начала эпидемии и с десяток графиков: как меняются госпитализации, каковы тенденции, сколько госпитализировали за всё время и за последние 7-14-30 дней, сколько госпитализируют в % от выявленных. Таблица и графики обновляются ежедневно. Пока есть три региона: • Москва • Санкт-Петербург (спасибо Алексею Куприянову за сбор данных) • Марий Эл (спасибо Михаилу Зеленскому) Если вы знаете, где достать исторические данные о новых госпитализациях в других регионах хотя бы за последний год без больших пропусков — буду рад их добавить (пишите мне @innersun). @dragan_covid -
Драган про ковид
Почему госпитализации, которые теперь публикует федеральный оперштаб, на самом деле вам ни о чём не скажут Напомню, что на прошлой неделе крупные федеральные и московские СМИ получили новые гайдлайны, как рассказывать об эпидемии. Теперь заболеваемость отодвинута на задний план, о новых антирекордах писать не следует, а главной метрикой, которую стоит озвучивать, стали новые госпитализации. Даже федеральный оперштаб стал публиковать число новых госпитализаций — это произошло впервые с начала эпидемии. Есть одна небольшая проблема: этот показатель на самом деле бесполезен и никак не помогает понять ситуацию с эпидемией. Подробнее обо всём — в этом тексте. -
Реклама
-
Драган про ковид
Людей пугать нельзя. Видимо, из этих соображений поменялись указания для СМИ о том, как теперь освещать эпидемию, о чём рассказывать и что подсвечивать. Знакомые новостники рассказывают, что информагентства уже получили новые гайдлайны. И последние два дня вы уже могли их наблюдать в деле. Впрочем, не нужны инсайды, чтобы увидеть, как резко поменялась подача. Подробнее обо всём — в этом тексте. Разобрался, как теперь СМИ рассказывают об эпидемии на фоне рекордной волны заболеваемости — и как они манипулируют подачей, чтобы убедить вас, что всё хорошо. Читайте. -
Драган про ковид
Датчане опубликовали исследование о тяжести омикрона. Там без сюрпризов: подтверждаются выводы других аналогичных исследований. С омикроном реже госпитализируются, чем с дельтой, и меньше проводят времени в больницах. Но снижение риска достаточно скромное. → Главное • При омикроне риск госпитализации ниже на 36% по сравнению с дельтой (95% ДИ 25−44%). Риск снизился и для привитых, и для непривитых. • Длительность госпитализации с омикроном заметно ниже: в среднем 15 часов (IQR 6−41), тогда как для дельты медиана была 39 часов (IQR 10−125). • Привитые попадали в больницу на 75% реже непривитых (95% ДИ 0,22−0,27). • Госпитализированные с омикроном реже попадали в реанимацию: таких оказалось 2,7% от госпитализированных (с дельтой 8,1%). Но это может быть связано с выборкой: заболевшие омикроном были моложе и имели меньше сопутствующих заболеваний. • При омикроне частота реинфекций в разы выше: 5,5% против 1,3% для дельты. → Кого исследовали 189 тыс. заболевших с 21 ноября по 19 декабря, когда >95% положительных тестов перепроверялись с помощью омикрон-специфичного ПЦР. Среди них госпитализировали 2435 человек (1,3%), с омикроном — 222 (9,1%). Учитывались только госпитализации по причине ковида. В исследовании сделана поправка на статус реинфекции, пол, возраст, регион, сопутствующие заболевания и календарную неделю. Есть стратификация по статусу вакцинации. → Сравнение с прошлыми вариантами Это уже третье такое исследование от датчан: ранее выходили публикации по альфе и дельте. Так мы можем оценить риск госпитализации с омикроном по сравнению не только с дельтой, но и с прошлыми вариантами. У всех трёх исследований — одни авторы, одна методология и одни критерии. • В первой статье анализировали альфу. Риск госпитализации по сравнению с другими линиями оказался на 42% выше (95% ДИ 1,25−1,60). • Во второй статье разобрали дельту. Она приводила к госпитализации в 2,83 раза чаще, чем альфа (95% ДИ 2,02−3,98). Что значит уменьшение риска для омикрона на 36% против дельты? Это даёт более высокий риск госпитализации как по сравнению с диким типом, так и по сравнению с альфой. Если с альфой в больницы попадали в 1,42 раза чаще, чем с другими вариантами, то с омикроном — ещё в 1,8 раза чаще, чем с альфой. И это то, о чём я писал ещё месяц назад в разборе британского исследования. Да, омикрон менее опасен, чем дельта, но более опасен, чем альфа. Возможно, у датчан оценка рисков для дельты преувеличена (небольшая выборка и широкий ДИ), и поэтому риск госпитализации с омикроном будет ниже, чем 81% против альфы — на английских, шотландских и канадских данных выходил диапазон от 11 до 36%. Но даже при применении нижних границ интервалов мы получаем однозначно повышенную опасность омикрона по сравнению с альфой. Из хорошего: длительность пребывания в больнице с омикроном ниже. Доля пациентов, требующих реанимации, при омикроне также заметно ниже — и это то, что мы наблюдали на примере других стран: относительная нагрузка на реанимационные койки сильно уменьшилась по сравнению с дельтой. А вот нагрузка на амбулаторное звено, приёмные отделения и стационары в целом — выросла. → Про тестирование в Дании Это исследование ценно ещё и широким охватом заболевших. В Дании недоучёт заболевших один из самых низких в мире. Здесь тестируют всех, кто обращается к врачу с симптомами ОРВИ. Также каждому доступны бесплатные ПЦР: можно записаться онлайн в любой из 445 пунктов и прийти в удобное время. Проводятся и регулярные скрининги в школах и на рабочих местах. С 21 ноября по 19 декабря в Дании около 25% населения еженедельно проходило ПЦР-тестирование. Также здесь делают более 1 млн экспресс-тестов в неделю (в первую неделю 1 млн, в последнюю — 1,7 млн). Выявляемость в Дании очень высокая: сероопросы показывают, что на каждый выявленный случай приходится от 0,5 до 0,9 не выявленных. Вместо выводов — слова авторов исследования: «Однако, даже если риск госпитализации с омикроном ниже, чем с дельтой, его обширное распространение может быстро перевесить любые преимущества потенциально меньшей тяжести болезни». @dragan_covid -
Драган про ковид
Не только Дания: в Норвегии также отмечают быстрый рост подлинии BA.2. 4 января, когда на омикрон приходилось 89% случаев, было обнаружено всего 7 образцов BA.2. Спустя 2 недели выявили уже 611 случаев. Большинство из них — в Осло. «Эта подлиния сильно растёт по сравнению с исходным омикроном, BA.1. Свойства BA.2 неизвестны, кроме того, что он более заразен, чем BA.1, быстро растёт в Дании и Швеции и, предположительно, вытесняет его», — пишет Норвежский институт общественного здравоохранения FHI в еженедельном отчёте. Называть BA.2 «подвариантом» омикрона не вполне корректно, указывает Кэролайн Брэгстад, старший научный сотрудник в FHI. Это не то же самое, что подлинии дельты: BA.1 (оригинальный омикрон) и BA.2 слишком сильно отличаются друг от друга. Предварительный датский анализ не показал разницы в доле госпитализаций для BA.2 по сравнению с BA.1, но для выводов рано. Датчане сейчас исследуют свойства BA.2: оценивают его инфекционность, эффективность вакцин, течение болезни. С новым омикроном нас. 
-
Драган про ковид
А вот и Дания, которая пошла на второй круг. После наметившегося было быстрого спада в стране началась новая волна омикрона. Причина этому, по-видимому, вариант BA.2 — подлиния омикрона, которая сильно отличается от оригинального варианта BA.1 (отличных от BA.1 мутаций в спайке больше, чем у дельты по сравнению с диким типом). Сейчас этот вариант доминирует в Филиппинах и в Дании — на то, чтобы занять более 50% и вытеснить BA.1, у него ушло меньше месяца. Он активно распространяется в Швеции, занимает высокую долю в Индии, распространяется по ЮАР. А ещё проникает в разные страны и начинает расти: в Израиле, Англии, США, Норвегии, Франции, Таиланде, Новой Зеландии — повсюду. В Дании начало доминирования BA.2 совпало с возобновлением быстрого роста. Скользящее среднее уже на 35% выше максимума волны BA.1. Заболеваемость последние дни прибавляет по 10−15% в сутки, и рост ускоряется. Подробнее про BA.2, что о нём известно и чего от него ожидать — в ближайшие дни. @dragan_covid 
-
Драган про ковид
Волна омикрона за 3−4 недели достигает вершины, пик длится меньше недели, затем спад. Это хорошие новости (подробнее в прошлом посте), а теперь — обещанная ложка дёгтя. Увы, не одна. 1. Спад происходит медленней по сравнению с ростом. В ЮАР, где снижение продолжается уже 33 дня, заболеваемость снизилась в 6 раз — в фазу роста от аналогичного уровня ЮАР поднялась вдвое быстрее, за 16 дней. При этом первые две недели после пика мы наблюдали U-образную волну, далее спад резко замедлился. Сейчас в республике выявляют в 13 раз больше заболевших, чем в начале волны омикрона — до фонового уровня ещё далеко. 2. По другим странам и регионам судить рано, но если такая динамика повторится, то в фазе спуска суммарно заболеет больше людей, чем во время роста и на пике. ЮАР — удобный пример: за 30 дней в фазу роста здесь выявили 199 тыс. случаев, за 3 пиковых дня — 67 тыс., а за последующие 33 дня спада — уже 348 тыс. случаев. Уже после прохождения пика в ЮАР заболело на 31% больше людей, чем во время роста и на пике. И эту закономерность показывают все южноафриканские провинции: спад везде более пологий по сравнению с ростом. 3. Переболеют ли в итоге все (или, как заявляет ВОЗ, 50% за 6-8 недель)? Это я подробно разобрал в прошлом посте: вероятно, даже близко никакого переболевшего большинства по итогам омикронной волны не будет. Реально за эту волну — с учётом продолжительного спада — инфицируется, похоже, максимум 30−40% населения. Привет всем, кто ожидал, что на этом пандемия и закончится и других волн не будет. К слову, в Британии учёные из SAGE ожидают следующей волны омикрона в начале лета. Отдельный привет тем, кто убеждает других, что омикроном неизбежно заразятся все, а значит, и какие-либо меры и осторожность излишни. 4. Рассчитывать на то, что все сейчас переболеют мягким омикроном, массово иммунизируются, и на этом всё закончится, возможно, также слишком опрометчиво. На днях вышел препринт исследования, проведённого на мышах, который показал: перенесённый омикрон усиливает ранее существовавший иммунитет (вакцинный или постинфекционный), но сам по себе не даёт эффективной перекрёстной нейтрализации против других вариантов. Речь именно о гуморальном (антительном) иммунитете, и исследование вызывает много оговорок. Но если так, то новость плохая: если омикрон переносят непривитые и не болевшие, это не даёт им защиты от других вариантов (в том числе и от дельты). В декабре также вышло исследование на выборке из 15 пациентов из ЮАР, госпитализированных с омикроном. Исследование также показало, что с перекрёстным иммунитетом после омикрона всё сложно. У 2 из 4 непривитых, у которых выработались нейтрализующие антитела к омикрону, нейтрализации дельты не произошло. «Многие из непривитых, переболев омикроном, не получат защиту от заражения дельтой. В общем-то этого можно было ожидать, зная огромную разницу между эпитопами этих штаммов, но подтвердить такие неприятные предсказания — невесело», — пишет молекулярный генетик Дима Прусс. 5. И, возможно, самое неприятное: есть риск двойной волны омикрона, и это связано с распространением подлинии BA.2 (тогда как до этого мы имели дело с BA.1). По-видимому, именно это сейчас происходит в Дании, где наметившийся было спад сменился неожиданным разворотом и резким ростом заболеваемости с несколькими рекордами подряд. Больше недели BA.2 доминирует в Дании. А ещё, возможно, то же самое начинается и в Великобритании, где за последние три дня начался разворот заболеваемости после непрерывного 12-дневного спада. Но возможно, пока это только артефакт — поймём позже. @dragan_covid Драган про ковид Сколько длится волна омикрона, каковы пределы её высоты и насколько быстро она снижается после прохождения пика? Есть новости и хорошие, и не очень. Из хороших новостей: пик достигается быстро. Волна омикрона растёт стремительно, за 2,5−3 недели заболеваемость вырастает на два порядка — до 0,3−0,4% заболевшего населения в сутки (в странах с широко развёрнутым и доступным тестированием). Движение к пику занимает несколько недель, пик узкий и острый, вскоре после него начинается спад. Стран, уже прошедших пик омикрона, пока немного, но везде картина одна. → Где произошёл разворот? • В ЮАР, разумеется. Рост начался 16 ноября — а ровно через месяц республика вышла на пик случаев, после чего заболеваемость стала снижаться. Это не лукавство статистики — это подтверждает и мониторинг вируса в сточных водах: от начала роста до выхода на пик проходит от 3 до 5 недель. Вместе с тем, нагрузка на больницы остаётся заметной: во всей ЮАР сейчас с ковидом 7,4 тыс. пациентов в больницах — в 3,5 раза больше, чем перед началом…
-
Драган про ковид
Омикрон распространяется с фантастической скоростью, и на пике число выявленных случаев может достигать 0,3−0,4% населения (если речь про страну с широким и доступным тестированием). Каковы прогнозы? Переболеют ли в итоге все (или, как заявляет ВОЗ, 50% за 6-8 недель)? Вероятно, даже близко нет. Оценить реальную долю переболевших невозможно — тем более при таком росте и дефиците тестирования, с которым столкнулись в эту волну все до единой страны. Здесь возможны только приблизительные оценки в широком коридоре, и сразу оговорюсь: они грубы и могут быть ошибочными. Возьмём UK. С 1 декабря по 18 января было выявлено около 4,26 млн случаев омикрона (это с поправкой на его рост и постепенное увеличение доли SGTF в образцах) — это соответствует 6,4% населения. По оценкам Имперского колледжа Лондона, исторически на один выявленный случай может приходиться два не выявленных (правда, чем мотивированы такие оценки — не поясняется). Та же оценка сохраняется и для омикрона, если сопоставлять число выявленных случаев и данные опросов ONS (британской Национальной статистической службы). ONS исследует распространённость ковида в популяции. Служба проводит ПЦР-тесты на случайных выборках, которые представляют собой репрезентативный срез популяции. В неделю ONS тестирует около 100 тысяч случайных людей. На основе результатов взятых мазков в такой выборке ONS даёт оценки того, какая доля населения в каждой британской стране болеет прямо сейчас. Две недели назад ONS оценивал число болеющих в Лондоне в 10%, в Англии — в 7%. На конец декабря в Англии, согласно моделированию ONS, заражалось в среднем 0,73% населения в сутки — 411 тыс., в то время как реально выявлялось втрое меньше — 140 тыс. Эта соотношение стабильно — и существенно не поменялось даже с распространением омикрона: выявляется около 30−35% инфекций (это характерно как для Лондона, так и для остальной Британии). Если так, то на настоящий момент в UK омикрон перенесло 19−22% населения, а сейчас, на спаде, ежедневно заболевает 0,4−0,5% населения. Хотя бы 50% переболевших при такой динамике будет достигнуто только через 10 недель — это при условии крайне высокого плато с заболеваемостью 0,4% населения в сутки (и с выявлением 0,15%, т.е. более 100 тыс. новых случаев ещё 2,5 месяца подряд), а это представляется очень маловероятным. Как изменится оценка, если допустить, что методология ONS неожиданно дала сбой, а выборки перестали быть репрезентативными, и недоучёт вырос в полтора раза, до 1:5? Это будет значить, что с начала декабря в UK омикроном переболела треть населения. При сохранении высокого плато и такого же недоучёта 50% перенесших омикрон можно было бы ожидать самое раннее к весне. Так или иначе, мы получаем вероятный коридор в 19−32% инфицированных омикроном в Британии за прошедшие полтора месяца (и 14−23% за период роста и пика). Учитывая данные ONS и недоучёт в 3,5, более реальной кажется нижняя граница. Это была первая ложка дёгтя. Но есть ещё причины, по которым, несмотря на крайне интенсивную и быструю волну омикрона, со стремительным ростом и узким пиком, вряд ли удастся быстро отмучаться. О них дальше ⬇️ @dragan_covid -
Драган про ковид
Сколько длится волна омикрона, каковы пределы её высоты и насколько быстро она снижается после прохождения пика? Есть новости и хорошие, и не очень. Из хороших новостей: пик достигается быстро. Волна омикрона растёт стремительно, за 2,5−3 недели заболеваемость вырастает на два порядка — до 0,3−0,4% заболевшего населения в сутки (в странах с широко развёрнутым и доступным тестированием). Движение к пику занимает несколько недель, пик узкий и острый, вскоре после него начинается спад. Стран, уже прошедших пик омикрона, пока немного, но везде картина одна. → Где произошёл разворот? • В ЮАР, разумеется. Рост начался 16 ноября — а ровно через месяц республика вышла на пик случаев, после чего заболеваемость стала снижаться. Это не лукавство статистики — это подтверждает и мониторинг вируса в сточных водах: от начала роста до выхода на пик проходит от 3 до 5 недель. Вместе с тем, нагрузка на больницы остаётся заметной: во всей ЮАР сейчас с ковидом 7,4 тыс. пациентов в больницах — в 3,5 раза больше, чем перед началом волны омикрона. Это всего на 27% меньше, чем на пике омикрон-волны — 22 декабря в больницах ЮАР было 9,4 тыс. пациентов (вдвое меньше, чем на пике дельты), нагрузка на больницы снижается медленно. Пациентов в реанимациях и на ИВЛ сейчас значительно меньше, чем в прошлые волны. • Великобритания. Быстрый рост среднего начался в районе 10 декабря, когда омикрон давал 20% случаев, пик пришёлся на 1 января — ровно через три недели. Нагрузка на больницы начинает снижаться только сейчас. Занятый коечный фонд достиг уровня 90% от пика первой волны, марта-апреля 2020, и уровня 50% от пика прошлогодней зимней волны, вызванной альфой. Пик осенней дельта-волны превышен в 2 раза. На британский спад наложилась активная прививочная кампания: только за декабрь в Великобритании сделали 15 млн бустеров. В Англии к началу января от 80 до 90% пожилых получили третью дозу. • Развернулась и Ирландия: движение к пику заняло ровно три недели — от 18 декабря до 8 января. Ту же динамику показывают и американские штаты. • В Нью-Йорке быстрый рост начался 14 декабря, пик — ровно через три недели, 4 января. Новые госпитализации достигли пика 7 января, занятый коечный фонд — 11 января. Последнюю неделю нагрузка на больницы постепенно снижается, число пациентов в реанимациях, превысившее пик прошлой зимы, — тоже. • В Миннесоте концентрация вируса в сточных водах начинает быстро расти 22 декабря, выход на пик занял почти три недели — 10 января. Заболеваемость в штате отстаёт на неделю, три дня назад начался спад. • Похожая картина в Массачусетсе. Быстрый рост концентрации вируса в сточных водах, который ассоциируется с вспышкой омикрона, начинается 16-17 декабря и достигает пика 6 января — всё те же три недели. Выявленные случаи отстают в среднем на 5 дней. • В столице штата Айова, городе Де-Мойн, рост также занял три недели. Если смотреть агрегированные данные, то по США в целом быстрый рост вирусной нагрузки в сточных водах начался 10−15 декабря, пик пришёлся на первую неделю января. Движение также заняло три недели. Примеры можно продолжать и дальше, но в этом нет необходимости. Общая тенденция: от начала взрывного роста до пика проходит в среднем около 3−5 недель, пик длится в среднем 4−5 дней, затем начинается спад. При высокой фоновой заболеваемости начало роста омикрона замаскировано дельтой, поэтому интенсивный рост, заметный в статистике, начинается при доле омикрона в 20−25% — и от начала такого роста до пика проходит около 3 недель. При низком фоне (как было в ЮАР) рост занимает 4−4,5 недель. Быстрое достижение вершины и непродолжительный пик— это прекрасная новость. К сожалению, есть тут и ложка дёгтя: это не значит, что получится быстро отмучаться и прожить короткую волну. Об этом ниже ⬇️ @dragan_covid -
Драган про ковид
Манаус, Бразилия. Новые госпитализации в логарифмической шкале. Год непрерывного спада сменился резким ростом — более крутым, чем когда-либо. Всего за неделю госпитализации выросли в 10 раз и превысили максимум последних 10 месяцев. Подробнее о ситуации в Манаусе — в этом тексте. 
-
Драган про ковид
Манаус, Бразилия. Суточные госпитализации выросли в 10 раз за неделю: от 4−5 на протяжении нескольких месяцев до 41 (и это запаздывающее скользящее среднее). В конце прошлой недели в Манаусе госпитализировали уже свыше 60 человек в сутки. Подробности — в этом тексте. 
-
Драган про ковид
Тем временем в оплоте коллективного иммунитета — бразильском Манаусе — с этим самым коллективным иммунитетом в очередной раз что-то произошло. В начале января Манаус вступил в третью волну эпидемии. Ей предшествовал целый год без подъёмов и вспышек. Год непрерывного спада, год спокойствия после кошмарной прошлой волны и тысяч смертей от удушья и острого дефицита кислорода в городе. Год назад к этому привёл вариант гамма, P.1 — он был более заразен и частично ускользал от иммунитета. А сейчас в Манаус пришёл омикрон. И если последний год заболеваемость, а с ней госпитализации и смертность, непрерывно снижались, то в январе начался взлёт. Ещё в первую декаду января в Манаусе госпитализировали в среднем по 4-5 человек в сутки. Всего за неделю скользящее среднее выросло в 10 раз — до 41. За прошлую неделю в Манаусе в больницы попало столько же человек с ковидом, сколько за два предшествующих месяца. За несколько дней город достиг уровня конца февраля 2021 года — и госпитализации продолжают быстро расти. Доля госпитализаций от новых случаев высокая: на прошлой неделе в больницы Манауса попало 9,4% от тех, у кого выявили ковид в штате Амазонас за 5 дней до этого. Годом ранее на том же этапе волны, при том же уровне госпитализаций, в больницы попадало всех 6% от выявленных (с лагом в 5 дней). Сейчас в штате Амазонас занято 85% выделенных под ковид коек и 50% реанимационных коек. Частные больницы уже перегружены и начинают приостанавливать медпомощь для пациентов без респираторных симптомов. В других больницах время ожидания неотложной помощи выросло втрое. Иные и вовсе перевели полностью под ковид. Впрочем, в Манаусе, наученные горьким опытом и катастрофической второй волной, почему-то не доверяют омикрону как «живой вакцине» и вместо этого предпочитают вакцину неживую. В десятках супермаркетов открывают пункты вакцинации и активно стимулируют прививочную кампанию, несмотря на то, что привито уже 82% жителей города старше 12 (во всём штате — 71%). Но даже при высокой защите групп риска (в штате привито свыше 95% жителей 60+, с бустерами — почти половина) они составляют треть от всех госпитализированных. В целом по популяции привитые составляют всего 21% от всех госпитализированных. 52% привиты Астразенекой, 25% — инактивированным Синоваком, 23% — Файзером. Но даже в Манаусе не рассчитывают обойтись одной вакцинацией. В Манаусе уже с начала волны вводят меры: • Объявили экстренный найм временных медработников (рассматривают только тех, у кого уже стоит бустер и кто не входит в группу риска). Только на этой неделе планируют нанять 500 медработников. • Отменили отпуска для медработников и наращивают койки. • Открыли новые центры тестирования — все переполнены, а в некоторых центрах 75% тестов оказываются положительными. Из аптек сметают антиген-тесты. • Перевели на удалёнку всех муниципальных служащих. • Отменили карнавал — грандиозный местный праздник, который в Манаусе проводят с середины 19 века. • Запретили все массовые общественные мероприятия и резко ограничили частные мероприятия, штраф за нарушение — от 50 до 500 тыс. реалов, что эквивалентно $9−90 тыс. (Роспотребнадзор, ау?) • Перенесли начало учебного года (Москва, ау?). • Начали вакцинацию детей от 5 до 11 лет. В группе 12-17 привили уже 41% (Минздрав, ау?). Кажется, в Манаусе после гуманитарной катастрофы прошлой зимы больше не полагаются коллективный иммунитет. И только в российских регионах рассчитывают достичь коллективного иммунитета к началу вспышки омикрона — и отчего-то считают, что в запасе есть ещё целый месяц. Тем временем в России не защищены даже группы риска: на конец года в категории 60+ вакцинировали всего 67%. В Москве и того хуже: на конец декабря однократно привито было всего 1,4 млн москвичей старше 60. Это за год. Всего 46% пожилых жителей Москвы, среди которых 70% привили более полугода назад. А с бустерами, которые значительно повышают защиту как от заражения, так и от госпитализации, всего 15%. Ни вакцинации, ни мер. Оправдан ли расчёт на коллективный естественный иммунитет? @dragan_covid -
Драган про ковид
Как происходит передача омикрона по воздуху — на примере двух номеров в карантинном отеле в Гонконге. Подробности эпидрасследования — в этом тексте. 
-
Драган про ковид
Возможно, вы помните один из первых зарегистрированных случаев заражения омикроном, когда один постоялец карантинной гостиницы в Гонконге заразился от другого постояльца. Оба были полностью привиты мРНК-вакцинами. Из номеров не выбирались. Друг с другом не контактировали. Недавно вышла статья с эпидрасследованием этого случая — занятная, хоть и без сюрпризов. Как всё устроено в Гонконге • Каждый, кто прибывает в Гонконг, должен предоставить отрицательный тест сроком не более 72 часов, затем сдать повторный тест по прибытии. С февраля 2020 каждый прибывающий должен был соблюдать 14-дневную изоляцию в карантинном отеле. С декабря 2020 требования ужесточились: стали требовать изоляцию в 21 день (это произошло после нескольких вспышек в отелях). • В карантинных отелях правила почти тюремные. Постояльцы не могут выходить из номеров. Сотрудники отеля приносят еду в номер и забирают мусор. Прямого контакта между жильцами и сотрудниками нет. • Места общего пользования (например, стены и коридоры) дезинфицируют гипохлоритом натрия (1000 ppm) от 3 раз в день. • На карантине у жильцов берут ещё несколько тестов. При положительном тесте постояльца забирают в изолятор. Эти меры помогли Гонконгу избежать активной внутренней передачи. Но отдельные вспышки, несмотря на все меры, случались. Вспышка в апреле 2021 Через 8 и 9 дней после выезда из карантинного отеля зарегистрировали двух бессимптомных носителей. Персонал не заразился. Подтвердились случаи заражения среди людей, которые жили в соседних комнатах на том же этаже. Эпидрасследование показало, что персонал соблюдал все меры, а передача вируса произошла из-за особенностей вентиляции. Выяснилось, что в коридоре не было вытяжки, поэтому по коридору гонялся один и тот же воздух. Обнаружилось, что когда в комнате открыто и окно, и дверь, направление воздуха менялось — и из комнаты воздух попадал в коридор. Именно из-за этого аэрозоль из комнат заражённых жителей просачивался в коридор. А когда жильцы других комнат открывали двери без маски, они вдыхали вирусный аэрозоль. После двух этих случаев в коридорах карантинных отелей установили специальные очистители воздуха, а постояльцев обязали надевать маски при открытии дверей. До появления омикрона всё работало. Вспышка омикрона в ноябре Уже в ноябре зарегистрировали вспышку омикрона среди двух полностью привитых постояльцев — оба жили в номерах напротив, контактов не было. Ширина коридора 1,5 м, высота 2 м. Что показало эпидрасследование? • Вирусный аэрозоль проникал в коридор при открытии дверей — это происходило, если дверь открывалась резко или просто широко. • В комнату аэрозоль проникает даже при слегка приоткрытой двери. • Выяснилось, что индексный случай открывал дверь без маски или в лучшем случае надевал тканевую маску — это происходило, когда нужно было забрать еду или выставить мусор. Помимо прочего, авторы оценили загрязнение среды вирусными частицами — брали мазки с разных поверхностей. 1 образец из 8, взятый с труднодоступных высоких поверхностей (стена или потолок), спустя три дня дал положительный результат на коронавирус (Ct 39), что также указывает на распространение вируса по воздуху и обширное загрязнение окружающей среды. Что это значит в бытовом смысле? Каждый выход из дома без маски или респиратора сейчас — это риск заразиться. Выход на лестничную клетку, чтобы встретить курьера — риск. Вынос мусора — риск. Короткая поездка на лифте — риск. Всё это риски. Особенно если учесть, что Россию прямо сейчас начинает накрывать омикрон, и его вспышка затронет многих из нас в ближайшие полторы месяца. Аэрозольная передача коронавируса — уже давно не новость (тем более ранее были похожие исследования, например, по заражениям в карантинных отелях Новой Зеландии). Но полезно помнить, насколько легко распространяется омикрон. Тем более что даже бессимптомное течение может обеспечивать высокую вирусную нагрузку: так, у индексного случая в Гонконге тест оказался положительным при Ct 18, хотя ещё накануне тест был отрицательный. Это указывает на высокую вирусную нагрузку и на её стремительное нарастание. -
Реклама
-
Драган про ковид
Симптомы при омикроне и при дельте: скорректированное отношение шансов с поправкой на возраст, пол, этнос, статус вакцинации, регион и неделю возникновения симптомов. Учитывались в основном симптомы первых 3−4 дней болезни. Симптомы преимущественно не отличаются за двумя исключениями: при омикроне значительно реже пропадает обоняние (в 13% случаев против 34% для дельты) и куда чаще возникает боль в горле (в 53% случаев против 34% для дельты). Подробности — в этом тексте. 
-
Драган про ковид
Вышел новый технический брифинг по омикрону от британцев — первый в этом году. Помимо прочего, авторы оценили, как отличается симптоматика при омикроне и при дельте с поправкой на возраст, пол, этнос, статус вакцинации, регион и неделю, когда появились симптомы. Их выводы подтверждают данные предыдущих исследований, о которых я писал в этом тексте. • Анализ основан на 182 тыс. случаев омикрона и 88 тыс. случаев дельты. Данные о симптомах собирали в рамках программы отслеживания контактов, поэтому регистрировались в основном симптомы первых 3−4 дней болезни. О более поздних информации нет. • При омикроне 89,8% выявленных случаев были симптомными, при дельте — 85,5%. • Число симптомов при дельте и омикроне не отличалось: медианное число симптомов, которое испытывал заболевший — 4 (IQR 2−6). • Симптоматика при омикроне и дельте практически идентична за двумя небольшими исключениями. • При омикроне куда чаще возникает боль в горле (в 53% случаев против 34% для дельты, отношение шансов 1,93 при 95% ДИ 1,88−1,98). Но авторы отмечают, что боль в горле нельзя считать специфическим именно для омикрона симптомом. • Омикрон значительно реже приводит к пропаже обоняния — оно было отмечено в 13% случаев (для дельты в 34% случаев, отношение шансов 0,22 при 95% ДИ 0,21−0,23). • Напомню, что это симптоматика прорывных и повторных инфекций — почти все взрослые британцы привиты или ранее переболели ковидом. Симптоматика среди наивных, вероятно, отличается. Обновил с учётом новых британских данных свой недавний текст el='noreferrer nofollow' href='https://telegra.ph/omicold-01-10'>о симптомах омикрона, отличиях омикрона от дельты, симптоматике наивных и иммунных. -
Драган про ковид
По СМИ сейчас расходится новость о том, что я прогнозирую пик новой волны через две недели, но это, мягко говоря, не так. В ближайшие две недели я ожидаю начала серьёзной вспышки по всей стране, а пик ожидал бы через месяц-полтора. Об этом поговорил сегодня в утреннем эфире Эха Москвы, несколько цитат оттуда: «Пик точно не будет через две недели. Да, в ближайшие две недели с высокой вероятностью вспышка "омикрона" нас ждет. Но по опыту других стран, от начала роста, от начала вспышки, до пика примерно около месяца проходит» «Есть оценки по Великобритании и по США, что на пике там заболевают 5-10% за неделю. Если экстраполировать это на Россию, то мы получим 7-15 миллионов заболевших на пике в неделю» (прим.: но в статистике оперштаба мы увидим от силы 10−15% от реального числа инфицированных; на чём основаны оценки в 5-10% инфицированных в США и Британии — см. этот тред американского вирусолога Тревора Бедфорда) «Мы на самом деле движемся в тумане войны и не понимаем, насколько реально распространен "омикрон" в России, какова его реальная доля по стране и регионам. Те оценки, которые поступают, сильно разнятся. То нам говорят, что он составляет 30%, то озвучивают, что по другой выборке он составляет 76%, то он составляет 60%» «На самом деле "омикрон" однозначно давно в России, он действительно у нас распространяется. Его вывили уже в 19 регионах на вчерашний день. При этом понятно, что это "выявили" не отражает реальности, потому что он, очевидно, представлен в куда большем количестве регионов. И в разных регионах есть уже внутреннее распространение. Были новости из Иркутской области, из Астрахани о том, что происходит передача уже среди населения, которое не выбиралось за границу» «То есть на самом деле серьезная, заметная вспышка "омикрона" в России – вопрос буквально считанных недель» А тем СМИ, которые переврали мои слова и исказили смысл, горячий привет.