Однако Тамерлан не увидел завершенного мавзолея: он скончался зимой 1405 года. Строительство было завершено другим внуком Тамерлана – Улугбеком. И хотя, Амир Тимур уже приготовил для себя мавзолей в родном городе Шахрисабзе, именно Гур-Эмир стал его гробницей, а также местом захоронения его потомков. Здесь покоятся двое его сыновей – Шахрух и Мираншах, любимые внуки – Мухаммад Султан и Улугбек, а также духовный наставник Тимура – Мир Саид Барака.

Сегодня в мавзолее Гур-Эмир мы видим надгробия, которыми отмечены места погребений. Надгробие Тимура, выполненное из цельного куска нефрита, располагается в центре усыпальницы. Сами же захоронения находятся внизу, в подвале мавзолея. Могилы расположены точно также, как и надгробия в зале наверху. Могилы Тимуридов вскрывались лишь один раз в 1941 году, с чем связана известная легенда.

Сам мавзолей представляет собой прекрасный образец средневекового зодческого мастерства.