В начале XV века в юго-западной части Самарканда был построен один из знаковых архитектурных ансамблей средневекового Востока – Гур-Эмир. Этот величественный комплекс состоял из ханака, медресе Мухаммад Султана – внука Амира Тимура и более поздней гробницы самого Амира Тимура и его потомков.

Медресе было небольшим с типичной дворовой композицией и предназначалось для обучения детей самаркандской знати. Напротив медресе располагалась ханака с центральным залом и кельями – худжрами. Оба здания были возведены по приказу Мухаммад Султана и должны были стать центром исламского образования. Но внезапная смерть Мухаммада в 1403 году привела к изменению предназначения комплекса.

После смерти Мухаммад Султана Амир Тимур был безутешен: он приказал временно поместить останки любимого внука в угловой зале медресе – дарсхане и немедленно приступить к строительству мавзолея, который бы замкнул ансамбль с юга.