В 1888 г. Козлов вновь начинает издавать время от времени номера нового журнала «Своё слово», в котором он излагает свои зрелые философские идеи (он был одним-единственным автором журнала, который издавался нерегулярно). Из опубликованных в этом журнале статей самая значительная – философский диалог «Разговоры с петербургским Сократом». В нём русский Сократ представляет взгляды автора, а главный оппонент – позитивист Шугаев. Среди других участников – Иван и Алеша Карамазовы; Козлов, несомненно, давал этим понять, что его философия даёт ответ на вопросы, поставленные Достоевским. Исходным пунктом философской спекуляции, полагает Козлов, не может быть ни представление о «чистом бытии» (как в гегелевской логике), ни Юмово описание сознания как «пучка чувственных впечатлений». Анализ сознания показывает, что оно разделяется на первичное сознание (совокупность простых, непосредственных опытов) и производное, или сложное, сознание (тотальность всех умственных, или духовных аспектов). В пределах первичного сознания можно различать: (1) осознание содержания того или иного опыта, (2) осознание совершаемых человеком поступков и (3) осознание «своего Я» – собственной идентичности как индивидуальной духовной субстанции. Именно в пределах Я и посредством его происходит синтез осознания опыта с осознанием своих поступков, что делает возможным переход к сложному сознанию. Поэтому Я – предусловие разума и сознания, которое невозможно, в качестве категории бытия, ни оправдать, ни игнорировать, как это делают эмпиризм и идеалистический монизм. Познающий субъект –это субстанция, а не пустой сосуд; сбрасывание со счетов всех конкретных атрибутов бытия не делает бытие пустым, а приводит к понятию Я как простой, нередуцируемой духовной монаде. Пространно-временной мир, по Козлову, – совокупность состояний сознания. В отличие от Канта, Козлов отказывается считать пространство и время категориями познания a priori, но ещё больше он против механистического ассоцианизма эмпириков. По существу, мир для него – это система, в которой бесконечное множество духовных субстанций взаимодействуют одна с другой. То, что мы называем материальными объектами, полагает Козлов, в действительности – символы субстанции, с которой мы так или иначе взаимодействуем. Время и пространство – тоже символы: пространство – символ взаимосвязи субстанций, тогда как время символизирует тот факт, что субстанции, сами по себе неизменные, всё же изменчивы и подвижны в своих не-сущностных атрибутах. Сеть взаимоотношений, связывающая субстанции, – вне времени. Но вследствие узости восприятия нашего сознания мы не можем объять эту сеть как целое; следовательно, мы попадаем в неё от точки к точке, приходя таким образам к представлениям о «раньше», «теперь» и «после». Мир изменяется, но не во временной, а в логической последовательности. Каждый момент бытия детерминирован всеми другими моментами последовательности, в пределах которой субстанция развивается, не исключая и те моменты, которые, с точки зрения времени, относятся к будущему. Козлов называл свою философию «панпсихизмом». Он также употреблял термин «плюралистический монизм»; смысл этого самопротиворечивого обозначения состоит в том, чтобы показать, что принцип множественности (бесконечное множество отдельных духовных субстанций) не сводит к нулю единство мира, поскольку все субстанции встроены в центральную субстанцию – Бога. Основным источником философии Козлова были, разумеется, монадология Лейбница и воззрения его продолжателей в девятнадцатом веке, особенно Лотце и Тейхмюллера, профессора Дерпского (ныне Тартуского университета в Эстонии) с 1871 по 1888 г. Козлов также следовал за Лейбницем в своей концепции бессмертия, которая основывалась на определённом представлении о реинкарнации.