Помните маленькую эвглену, которая днём растение, а ночью животное? Короче, это не результат последовательной эволюции собственного генома в классическом виде постепенных улучшений, а вторичный эндосимбиоз. Представьте, что она, будучи чисто гетеротрофом, в какой-то момент нашла зелёные водоросли. Посмотрела на них и подумала: «Хмм, какие прикольные клетки, заберу-ка я их себе» и поместила их в собственную единственную клетку как симбионта. Ну, знаете, такого симбонта, которого про желание быть таковым никто особо не спрашивал. Поэтому то родство, которое есть у неё с водорослями — это не у неё самой, а у её хлоропластов. На деле же всё ещё чуть сложнее — она отжала эти хлоропласты у кого-то другого эукариота, который превратил водоросли в симбионтов. То есть в ней встречаются три разных организма вообще, но тот второй, который изначально придумал, как из соседей сделать электростанцию, он, скорее, вроде кусков интеграции. Мы тоже пример такой фигни. Наши митохондрии когда-то были захваченными бактериями (что доказала Линн Маргулис), то есть мы просто взяли и импортировали огромный кусок чужого кода вместе с «эмулятором», поскольку там, знаете ли, ещё и свои правила исполнения. Собственно, это называется «теория симбиогенеза», в уточнённом виде она выглядит так: эукариотические клетки — это археи + бактерии, собранные в одну клетку.