Основной труд Агриппы Неттесгеймского — «Тайная философия» Это сочинение, последовательных описаний трёх видов магии: натуральной, небесной и церемониальной. Первопричиной всего становится Творец, или производитель всех вещей.
Магия же - могущественная сила, которая заключает глубочайшее знание. «Чтобы постичь план мироздания, музыкальную гармонию, как отражение вселенной нужно знать математику, все природные качества управляются числами. В числах таятся удивительные качества, способные творить чудеса.»
Он повествует о четырёх стихийных элементах, их соединениях. У предметов есть и оккультные свойства, принципы которых не явны: одни останавливают яд, другие притягивают железо, третьи лечат ранения. Сейчас людям известна подоплека некоторых «неявных» принципов, но при жизни Агриппы это могло казаться настоящим чудом. Описывал он и те явления, которые вызывают удивление: например, «маленькая рыбка Ошинес мешает движению судна и утишает бурю».