На МСД не будет пунктов оплаты со шлагбаумами. Взимание платы за транзитный проезд будет происходить безбарьерно – путем автоматизированного считывания номеров транспортных средств. Для оплаты проезда необходимо будет использовать мобильные приложения "Парковки России" и "Московский транспорт". Первый год платный проезд будет осуществляться в пилотном режиме, для настройки системы. При необходимости в нее будут вноситься корректировки. До 1 октября от москвичей и экспертов будут собирать идеи, как защитить город от транзитных машин, чтобы по итогам выработать предложения и финальный подход по размеру платы. Полномочиями по установлению размера платы за проезд наделён Департамент транспорта и развития дорожно-транспортной инфраструктуры города Москвы, который разработает методику расчёта и максимальный размер платы за проезд с учётом положений 257-ФЗ. Также в компетенции дептранса – возможность устанавливать категории пользователей МСД, которым предоставляется право бесплатного или льготного проезда по магистрали.