Микробиота кишечника способствует структурному развитию слизистой оболочки кишечника, индуцируя транскрипционный фактор ангиогенин-3, который был вовлечен в развитие микроциркуляции в кишечнике. Это также подтверждается значительным снижением капиллярной сети ворсинок у мышей без микробов, что, в свою очередь, может ухудшить пищеварение и поглощение питательных веществ. Другие доказательства, подтверждающие роль микробиоты кишечника, когда у мышей с бедным количеством бактерий, была обнаружена более низкая площадь поверхности кишечника, более тонкие ворсинки (вилли, которые в ответе за абсорбирование питательных веществ) и худшая перистальтика кишечника.