./pages останется, но появится папка ./app, в которой будут работать новые фичи, например, Server Components.
Появится поддержка вложенных роутов/шаблонов с использованием компонента layout.js. Также появится компонент page.js, который будет использоваться для отображения страницы роута.
Также при использовании Suspense будет улучшение в загрузки данных. Вместо последовательной загрузки роутов и данных будет происходит их параллельная загрузка.
https://nextjs.org/blog/layouts-rfc