Пока в США проходили заочные суды над Норьегой, он начал выступать с резкими антиамериканскими лозунгами. В 1989 году Национальная ассамблея Панамы объявила войну США. В Панама-сити был убит безоружный американский солдат, еще один ранен, а третий арестован. Эти действия побудили президента США Джорджа Буша-старшего объявить о вторжении в Панаму. Эта операция была на руку хозяину Белого дома, которого многие обвиняли в слабости. Рейтинг Буша после начала панамской операции мгновенно взлетел. Американцы быстро разбили панамские войска. Сам диктатор спасся от ареста в посольстве Ватикана в Панаме. 3 января 1990 года Норьега сдался американцам и отправился в тюрьму во Флориду. В США его приговорили к 40 годам тюрьмы, однако впоследствии сократили срок заключения до 30 лет. Позже он оказался на родине, но все же в заключении. Согласно панамским законам, людям старше 74 лет разрешают отбывать наказание под домашним арестом. Однако к Норьеге власти проявили суровость. Под домашний арест его перевели лишь в начале 2017 года, когда у перенесшего инсульт генерала обнаружили опухоль мозга. Диктатор умер поздно вечером в больнице Санто-Томас в Панама-сити.