Сначала трубкозуб из-за особенностей строения своего организма был отнесен к тому же роду, что и американские муравьеды, однако поверхностное сходство оказалось результатом конвергентной эволюции — приспособления к питанию термитами и муравьями. Происхождение трубкозуба остается неясным: вероятно, он близок к сиренам, даманам и хоботным.