Приложения .NET Core можно легко выполнять в контейнере Docker. Контейнеры обеспечивают простой способ изоляции приложения от остальной части инфраструктуры, совместного использования ядра и использования ресурсов, которые передаются в это приложение. По ссылке вы найдете руководство по Docker и .NET.