Открытие CRISPR, как и все гениальное в науке, было сделано почти случайно. В 1987 году японские ученые из Университета Осаки секвенировали ген iap кишечной палочки, изучили его белковые продукты и, поскольку ResearchGate тогда еще не было, честно написали в разделе «Обсуждения» следующее: коллеги, на 3'-конце нашего гена — какие-то странные повторяющиеся последовательности по 29 нуклеотидов, между ними — не повторяющиеся, по 32, глубокий биологический смысл от нас пока ускользает.
Спустя несколько лет испанец Франсиско Мохика из Университета Аликанте, секвенируя для докторской геном архей-галофилов, обратил внимание, что и у них в ДНК есть множество коротких повторяющихся последовательностей, которые перемежаются неповторяющимися (правда, эти последовательности отличались от тех, что японцы нашли у эшерихий) и предположил, что они каким-то образом регулируют экспрессию генов.