5 ноября 1955 года было введено в эксплуатацию здание аэровокзала. Долгое время аэропорт был базой легких самолетов и вертолетного парка Второго Магаданского объединенного авиаотряда. В день вылетало до 15-ти самолетов и 5–6 вертолетов во все концы области и за ее пределы. В 2002 году произведена реконструкция аэровокзального комплекса. До сих пор аэропорт Магадан–13 служит базой малой авиации Колымы.