Вода в Томи стала грязнее с 2019 года на 10,3% по санитарно-химическим показателям. Как уточняется, в Томской области осуществляется контроль за состоянием водоемов 1-й и 2-й категории. К водоему 1-ой категории относится река Томь, и в 2021 году 20% проб воды из нее не соответствовали гигиеническим нормативам по санитарно-химическим показателям. В 2019 году это количество ровнялось 9,7%. Неудовлетворительные результаты микробиологических исследований регистрировались: в Асиновском районе (р. Чулым, троицкий мост, о. Утиное, р. Итатка), в Первомайском районе (п. Беляй, о. Школьное), Шегарский район (р. Обь), в Томском районе (д. Кисловка, озеро, д. Черная речка, озеро, д. Березкино, оз. Рожнево), в Томске (р. Томь, р. Ушайка, Белое озеро, р. Басандайка, озеро п. Новый).