Происхождение сету вызывает споры среди учёных. Часть из них полагает, что сету — это потомки эстов, бежавших от ливонского ига в пределы Псковской земли[; другие считают, что сету сформировались к середине XIX века на основе чудского субстрата, включив в свой состав и более поздних эстонских переселенцев, которые приняли православие. Есть и мнение, согласно которому сету представляют собой остаток автохтонного этноса — некогда столь же самостоятельного, сколь и ливы, водь, ижорцы. Наконец, всё большее распространение получает теория, по которой эстонцы и сету в равной мере восходят к древней чуди, с которой славяне встретились при освоении ими северо-западных земель будущей России (в пользу данной теории говорит наличие в культуре сету мощного пласта языческих элементов при полном отсутствии элементов лютеранства)