В центре научных интересов Фрица Штерна — отношения между немцами и евреями в Германии XIX—XX вв., подъём германского национализма с его имперским духом, антисемитизмом и ксенофобией, идеологией особого пути, формирование и укрепление нацизма, наступление и последствия Холокоста.