Отличный модуль для nginx для проверки жизнеспособности upstreams - https://github.com/yaoweibin/nginx_upstream_check_module. Нативный функционал доступен в платной версии nginx, поэтому данный модуль придется скомпилировать отдельно. После сборки и деплоя можно дописывать такие проверки в конфиг.