Хороший скрипт для смены лидера в кафке: https://gist.github.com/miguno/87d5b2411e3f93e80866
Скрипт генерирует json, который описывает как должны распологаться партиции в класетере - на каких брокерах. Допустим, вам необходимо отключить на некоторое время broker id 2 для замены дисков. Запускаем скрипт:

./kafka-move-leadership.sh --broker-id 2 --first-broker-id 1 --last-broker-id 3 --zookeeper localhost:2181 > ~/ld.json

Скрипт сгенерирует инструкции для kafka-reassign-partitions, чтобы broker id 2 не был лидер ни для одной из партиций. После чего можно применить изменения:

./kafka/bin/kafka-reassign-partitions.sh --zookeeper localhost:2181 --reassignment-json-file ld.json --execute

После завершения операции можно спокойно выключать кафку на maintenance - лидером она больше не является.