С августа 2019 года СК расследует уголовное дело против ФБК по статье об отмывании денег. По версии следствия, сотрудники фонда вносили на его счета средства, которые «заведомо для них были приобретены преступным путем». Сначала в деле фигурировала сумма около миллиарда рублей, затем она снизилась до 75 миллионов рублей. В связи с делом в офисах фонда проводятся регулярные обыски.
Ранее был задержан один из сотрудников Фонда Руслан Шаведдинов, который был тут же призван в армию. Общественники и правозащитники ищут Руслана, он предположительно находится в воинской части на Новой Земле.