Династическая смена на севере Индии - от Лоди к Тимуридам -сопровождалась переменами и в царском патронаже суфийским тарикатам. Доминирующий суфийский тарикат на родине Бабура, Накшбанди, возглавлял легендарный шейх Убайдуллах Ахрар (ум. 1490), который кажется входит в силсилу практически всех ветвей накшбандия. Благодаря щедрому покровительству, оказанному ему тимуридскими эмирами, он еще был и крупнейшим землевладельцем в Центральной Азии. Отец Бабура был одним из его многочисленных учеников (муридов), и самому Бабуру, когда он был еще молодым человеком, однажды приснилось, что перед ним появился шейх Ахрар и позволил ему захватить Самарканд, что он и правда сделал вскоре после этого сна (ненадолго). Из своей столицы в Агре Бабур поддерживал тесные связи с шейхами Накшбанди в Центральной Азии, хотя в то время в Дели главными были чиштийские шейхи, благодаря покровительству бывшего режима Лоди. Во время битвы при Панипате ведущий чиштийский шейх Дели того времени, Абдуль-Куддус Гангохи (тоже присутствует в силсиле чиштийских шейхов, например Ибрагима Десаи), молился об успехе своего патрона Ибрагима Лоди. Но когда последний потерпел поражение, могольские победители схватили шейха и заставили его пройти шестьдесят пять километров пешком обратно в Дели. Бабур после захвата Дели первым делом посетил могилы чиштийских святых, того же Низамуддина Аулия, но к живым чиштийским шейхам у него было мало почтения.

"Чиштийский ренессанс" произойдет уже в правление внука Бабура, падишаха Акбара. Акбар перенес столицу в город Сикри (Фатхапур Сикри), который был резиденцией чиштийского шейха Салима. Считается, что благодаря молитвам шейха, у Акбара родился первый сын, его назвали Салимом. С 1562 года он ежегодно совершал зиярат (паломничество) к могиле основателя чиштийского тариката в Индии, Муинуддина Чишти (ум. 1236), в Аджмере. В некоторых случаях он шел пешком по выжженной земле Раджастана - кто-то может сказать, что это своеобразное искупление за то что сделал его дед с шейхом Абдуль-Куддусом Гангохи.

Часто говорят, что чиштия это якобы более "либеральный" тарикат, поэтому подходил вольнодумцу Акбару больше чем накшбандия. На самом деле, Чиштия ничуть не "либеральнее" Накшбандия. Но чем более Моголы укреплялись в Индии и забывали связи с Мавераннахром, тем естественнее было их покровительство единственному сугубо индийскому тарикату. Все основные чиштийские завии, ханаки, текке, мавзолеи святых, вакфы и т.д. находились всегда в Индии и не зависели от иностранных центров суфизма. Так что у Моголов тарикат Чиштия в итоге приобрел такой же особый статус, которым пользовался у всех правителей Дели начиная с Туглукидов.