Сегодня слово «карантин» — существительное мужского рода, означающее временную изоляцию больного или лиц, с ним соприкасавшихся, для недопущения распространения болезни.
Пребывать в такой изоляции — быть НА карантине. Это современная языковая норма.
Однако ранее у этого слова был также женский род — карантина. И о пребывании в подобной изоляции говорили: быть В карантине. Такой вариант считается уже устаревшим.