Схема управления ДФО концептуально мало отличалась от аналогичной в СКФО. Трутнев, как и ранее Хлопонин, имеет одновременное подчинение по линии президента и правительства. Именно при Хлопонине внутриэлитные связи Дальнего Востока и Северного Кавказа получили развитие. В 2020 году "Корпорацию развития Северного Кавказа" возглавил Андрей Харин - выходец из энергетической отрасли, креатура Трутнева. В состав совета директоров "Корпорации развития Северного Кавказа" вошел помощник Трутнева Роман Алисенов (сейчас - заместитель полпреда). В 2021 году первым замминистра по развитию Дальнего Востока назначен Гаджимагомед Гусейнов из Дагестана. Вместе с ним назначены 3 директора департаментов - Сослан Абисалов (ранее Минкавказа). Михаил Логинов (ранее "Корпорация развития Северного Кавказа") и Виталий Алтабаев (ранее "Курорты Северного Кавказа"). Обмен управленческими инструментами между ДФО и СКФО (в частности, создание ТОСЭР) наладить не удалось, в отличие от кадров.