O prefixo hiper- deve ser separado do segundo elemento por hífen somente nos casos em que este inicia por "r" ou "h". Nos demais casos, o hífen não é usado.
Portanto, o correto é hipermercado, sem hífen. Veja alguns exemplos de frases:
- Prefiro fazer compras em um hipermercado, pois a variedade de produtos é maior.
- Foi aberta uma nova filial de uma das maiores rede de hipermercados do Brasil.