Другой конфликт, возникший на постсоветском пространстве и до сих пор сохраняющий остроту, связан с восточной частью Молдовы — Приднестровьем. Конфликт длится уже три десятилетия, стороны не могут прийти к решению вопроса с 1989 года. В 1997 году при посредничестве России и Украины удалось подписать соглашение, по которому Молдова признавалась единым государством, обязанным уважать интересы населения Приднестровья. Однако самопровозглашенная республика продолжает считать себя независимой.
Крайне сложная ситуация возникла на территории Грузии, также являющейся многонациональным государством.
Например, Абхазия до 1931 года имела статус союзной республики в составе СССР, а затем — автономной республики в составе Грузии. В 1990 году Абхазия объявила о своем суверенитете. В 1991 году на ее территории начались вооруженные столкновения, в 1994-м
в Абхазию вступили миротворческие силы СНГ, в зону конфликта прибыли наблюдатели ООН. Это позволило добиться прекращения военных действий, однако политическое урегулирование конфликта до сих пор не достигнуто.
Автономная республика в составе Грузии — Южная Осетия — в 1990 году выдвинула требования о своем преобразовании в союзную республику. Вопрос о Южной Осетии также пока не нашел окончательного решения. В 1995 году ее статус автономии по настоянию ОБСЕ был восстановлен. Военные действия прекратились, однако Южная Осетия продолжает настаивать на признании своего суверенитета.
Большие трудности возникли в среднеазиатских государствах, особенно в Таджикистане. Здесь в 1992 году на почве межклановых и религиозных противоречий вспыхнула кровопролитная гражданская война. При помощи миротворческих сил СНГ, основу которых составляли российские войска, боевые действия удалось прекратить.