В рубрике интересных наборов открытых данных публикуемых в России и малоизвестных, поскольку относящихся к узким научным областям знаний. В данном случае к биоинформатике.
- HOMOCOMO [1] проект по полной коллекции моделей связывания факторов транскрипции для человека и мыши с помощью крупномасштабного анализа ChIP-Seq создан на гранты РФФИ, РНФ и Skoltech Systems Biology Fellowship. Данные доступны под лицензией WTFPL ("Do What The Fuck You Want To Public License") [2]
- VDJdb [3] это курируемая база данных последовательностей Т-клеточных рецепторов (TCR) с известной антигенной специфичностью. Основной целью VDJdb является облегчение доступа к существующей информации о специфичности антигена Т-клеточного рецептора, т. е. способность распознавать определенные эпитопы в определенных контекстах MHC. Проект создавался совместным российским и европейским финансированием [4], а все данные и исходных код доступны на Github.
- GTRD (Gene Transcription Regulation Database) [5] наиболее полная коллекция единообразно обработанных данных ChIP-seq по идентификации сайтов связывания факторов транскрипции для человека и мыши. Доступно в виде данных для скачивания в машиночитаемых форматах.
А также многие другие данные создаются как открытые в проектах где российская наука существует и была интегрирована с мировой.
Ссылки։
[1] https://hocomoco11.autosome.org/
[2] https://en.wikipedia.org/wiki/WTFPL
[3] https://vdjdb.cdr3.net/
[4] https://vdjdb.cdr3.net/credits
[5] http://gtrd.biouml.org/#
#opendata #openaccess #FAIR