Обложка канала

Ivan Begtin

3903 @begtin

I am focused on Open Data, Procurement, e-Government, Open Government and other tech stuff

Ivan Begtin

4 года назад
Открыть в
В рубрике интересных наборов открытых данных публикуемых в России и малоизвестных, поскольку относящихся к узким научным областям знаний. В данном случае к биоинформатике. - HOMOCOMO [1] проект по полной коллекции моделей связывания факторов транскрипции для человека и мыши с помощью крупномасштабного анализа ChIP-Seq создан на гранты РФФИ, РНФ и Skoltech Systems Biology Fellowship. Данные доступны под лицензией WTFPL ("Do What The Fuck You Want To Public License") [2] - VDJdb [3] это курируемая база данных последовательностей Т-клеточных рецепторов (TCR) с известной антигенной специфичностью. Основной целью VDJdb является облегчение доступа к существующей информации о специфичности антигена Т-клеточного рецептора, т. е. способность распознавать определенные эпитопы в определенных контекстах MHC. Проект создавался совместным российским и европейским финансированием [4], а все данные и исходных код доступны на Github. - GTRD (Gene Transcription Regulation Database) [5] наиболее полная коллекция единообразно обработанных данных ChIP-seq по идентификации сайтов связывания факторов транскрипции для человека и мыши. Доступно в виде данных для скачивания в машиночитаемых форматах. А также многие другие данные создаются как открытые в проектах где российская наука существует и была интегрирована с мировой. Ссылки։ [1] https://hocomoco11.autosome.org/ [2] https://en.wikipedia.org/wiki/WTFPL [3] https://vdjdb.cdr3.net/ [4] https://vdjdb.cdr3.net/credits [5] http://gtrd.biouml.org/# #opendata #openaccess #FAIR