Обложка канала

Ivan Begtin

3903 @begtin

I am focused on Open Data, Procurement, e-Government, Open Government and other tech stuff

Ivan Begtin

5 лет назад
Открыть в
О том как организована работа с данными в разных средах, в научной среде одна из наиболее развитых экосистем работы с данными существует в биоинформатике. Проект Dockstore [1] - это некоммерческий академический проект со многими признаками стартапа, позиционируется как An app store for bioinformatics. В нём сейчас 44 научных организации регистрирует свой код рабочих процессов (workflows) с возможностью перепроверки на различных онлайн платформах: Galaxy, AnVIL, Terra, DNANexus, DNAStack и NHLBI BioData Catalyst. Всего более 1200 рабочих процессов (workflows) и более 250 инструментов (tools) с репозиториями, возможность запуска в Docker'е и тд. Вообще экосистема для работы в биоинформатике мне чем-то напоминает Modern Data Stack и даже кое-где пересекается, в части использования Github, Docker, Google Cloud как хранилища и ряда других облачных инструментов. Не знаю воспроизводимо ли подобное для других научных сред - экономистов, историков, инженеров-авиастроителей и так далее. Важное отличие биоинформатики в международных стандартах и воспроизводимости исследований [2]. Сам проект Docstore существует на гранты государственных научных грантодателей Канады и США, существует с открытым кодом [3] и активной командой разработчиков. Ссылки: [1] https://dockstore.org/ [2] https://www.ga4gh.org/ [3] https://github.com/dockstore/dockstore #opensource #openprojects
GitHub - dockstore/dockstore: Our VM/Docker sharing infrastructure and management component

Our VM/Docker sharing infrastructure and management component - GitHub - dockstore/dockstore: Our VM/Docker sharing infrastructure and management component

GitHub