Учусь в аспирантуре в Gran Sasso Science Institute, Л'Аквила, Италия. Пишу о еде, культуре, быте и бюрократии в Италии и о буднях PhD студента-математика.
Логичный вопрос: зачем что-то придумывать? Так не видно, что ли? Не видно. При измерении экспрессии генов у вас получается табличка размером не 7 на 4, как в нашем примере с погодой, а где-то 50 на 20 000. Да-да, такие числа: техника позволяет измерить экспрессию десятков тысяч генов! Связь между ними уже на глаз не определишь 😬 А самих измерений очень мало, потому что эксперименты дорогие: редким проектам удаётся измерить экспрессию больше, чем у нескольких десятков человек. Классические математические методы не были готовы к таким выкрутасам – ни к объёму в тысячи переменных, ни к тому, что будет такая огромная диспропорция в размерах таблицы. Приходится придумывать что-то новое и писать про это кандидатскую диссертацию)) Ну, а когда метод уже готов, беру из открытой базы Gene Expression Omnibus реальные данные экспрессии генов, применяю метод к ним и смотрю, что получится)) Вот пример данных оттуда – по горизонтали названия генов (всего >16 тыс), по вертикали кодовые номера пациентов (77 человек), в ячейках экспрессия гена.