Обсуждение поддержки множества back stack для Fragment API - уже долго обсуждаемая тема. Особенно это стало важно, когда шаблон "Bottom Navigation" набрал популярность. Пока все ждут стандартной реализации (о которой разработчики Fragment уже говорят), можно сделать собственный вариант. Пример этого можно найти в статье.