Спасибо за ответы!
Нашел, неочевидный баг в скрипте описанным выше.

Из-за того, что в объект уникальных ключевых слов записывались только id ключевого слова, скрипт пропускал повторяющиеся ключевые слова аккаунта. Так как id ключевого слова не уникальный и в аккаунте id могут повторяться.

Лечится простым добавлением AdGroupId

Fix по ссылке – http://bit.ly/2LrDMpj