Энтони Фаучи и его сестра Дениз сначала обучались у сестер святого Доминика в католической школе Богоматери Гваделупской. Затем он учился в Regis, стипендиальной средней школе для мальчиков иезуитов на Манхэттене, а затем в колледже Святого Креста в Вустере, штат Массачусетс, также управляемом иезуитами, где он учился на медицинском факультете. В Regis он четыре года изучал латынь, три — греческий и два — французский. Доктор Фаучи вспоминает, что «иезуиты и учителя-миряне учили нас, как формулировать свои мысли. Фраза, которую я до сих пор использую, — «точность мысли и экономия выражения». Собери свои мысли в порядок и выражай их лаконично, чтобы люди понимали, о чем вы говорите. . . имело абсолютное значение для моего становления», — добавляет он. «В Святом Кресте царил определенный дух учености, — вспоминает он, — который не имел себе равных ни с чем, с чем я когда-либо сталкивался. Идея серьезности цели — я не имею в виду ботановскую серьезность — я имею в виду важность личного развития, научного развития и the high standards of integrity (высоких стандартов честности и принципов), которые стали частью повседневной жизни в Holy Cross. И это, я думаю, передалось от иезуитов и к студентам». Летом же Фаучи подрабатывал на стройке.