Niantic продолжает борьбу с кастомными прошивками на базе Android.

Появились сведения, что обновление 2.39 проверяет наличие директории с именем "TWRP" в корне внутреннего накопителя или карты памяти.
Если директория присутствует - сканер выводит сообщение о несовместимости с устройством и отказывается запускаться, так как считает, что на устройстве установлена служебная система TWRP (Team Win Recovery Project).

Для решения проблемы достаточно удалить папку TWRP из корневой директории.