21 ноября 1764 года вышел Указ об упразднении гетманского достоинства, положивший конец существованию в составе Российской империи Гетманщины. Вместо нее по приказу Екатерины II была образована Малороссийская губерния. Размышляя над судьбой Малороссии, а также Лифляндии и Финляндии, императрица отмечала: «Сии провинции, также Смоленскую, надлежит легчайшими способами привести к тому, чтобы они обрусели и перестали бы глядеть, как волки в лесу».
Тогда же императрица восстановила в Глухове на прежних основаниях Малороссийскую коллегию из четырех «великороссов» (генералов и штаб-офицеров местных гарнизонов) и четырех «малороссов» (казачьей генеральной старшины) под председательством генерал-губернатора графа Петра Румянцева. Всем им предписывалось «решать дела без взяток». В инструкции Екатерина велела своему наместнику последовательно заменять прежние обычаи и законы общероссийскими. Фактически требовалось превратить Гетманщину в обычную губернию Российской империи.
Окончательно судьба запорожцев была решена 3 августа 1775 года подписанием Екатериной II манифеста «Об уничтожении Запорожской Сечи и о причислении оной к Новороссийской губернии».